中心实行主任负责制，聘任中心主任一名、副主任一名，中心主任作为第一负责人，主管中心的全面工作和发展建设，副主任分工负责日常教学运行及技术保障等工作。实验教学示范中心教学指导委员会。教学指导委员会负责审议示范中心的人才培养目标、实验教学体系、重大教学改革项目、重大对外开放交流活动、年度报告等。教学指导委员会每年至少召开1次会议。